Trong những năm 60 của thế kỷ XX, một trong những công việc chính của các kỹ sư thanh hóa (sanitary engineers) là xử lý nước thải. Thời kỳ này người ta đã thực hiện rất nhiều nghiên cứu ứng dụng vi sinh vật để xử lý các chất thải cũng như để phát hiện và kiểm soát vi sinh gây bệnh. Ngày nay người ta gọi tên ngành "kỹ thuật môi trường" (environmental engineering) thay cho tên "kỹ thuật thanh hóa" (sanitary engineering) của những năm 60. Theo đó, môn Vi sinh kỹ thuật môi trường trở nên phổ biến trong khoảng hai thập kỷ gần đây như một công cụ hữu ích cung cấp kiến thức về vai trò của vi sinh vật trong quá trình xử lý chất ô nhiễm. Nhờ những kỹ thuật tiến bộ của sinh học phân tử và công nghệ di truyền, các kỹ sư môi trường và những nhà vi sinh vật học ngày càng quan tâm đến bản chất quá trình phân hủy sinh học áp dụng trong xử lý các chất thải, các hóa chất nguy hại nhằm tìm kiếm các phương thức hiệu quả kiểm soát các chất gây ô nhiễm.

Quyển sách có thể được dùng làm tài liệu học tập cho sinh viên chuyên ngành khoa học môi trường và kỹ thuật môi trường. Nó cũng có thể là tài liệu tham khảo của cán bộ nghiên cứu, cán bộ quản lý và kỹ sư môi trường.